Podstawą wszelkich decyzji organizacyjnych i badawczych podejmowanych w Wilanowie była i jest zasada uznająca kompleks budynków rezydencji i otaczającej ją przestrzeni za jeden zabytek, a tym samym za jedno stanowisko archeologiczne. Zabytkiem w Wilanowie jest zatem i pałac wraz ze swoimi fundamentami i wszystkie ziemne warstwy historyczne tworzące stratygrafię tej części skarpy pradoliny Wisły – warstwy związane i niezwiązane z historią rezydencji. Godzi się w tym miejscu przypomnieć, że na terenie tym zarejestrowane zostały warstwy datowane przez archeologów na schyłek wczesnej epoki żelaza, okres głębokiego wczesnego średniowiecza, średniowiecza i całą sekwencję warstw obrazujących historię wszystkich faz dworu i późniejszej rezydencji króla Jana III Sobieskiego.

Musiał być więc to teren niezmiernie atrakcyjny. Wykonana przez archeologów rekonstrukcja pierwotnej topografii pokazuje ostrą krawędź skarpy z łagodnym, stożkowatym wyniesieniem, znajdującym się w miejscu, w którym stoi obecnie Pałac. Po południowej stronie wyniesienia teren wysoczyzny wypłycał się i topografia terenu stawała się bardziej regularna. Dominującym akcentem było tu koryto niewielkiej rzeczki. Jak sądzić można po obecności licznych warstw powodziowych, był to ciek niesforny, meandrujący zapewne na przedpolu skarpy. Po stronie północnej wspomnianego wyniesienia mógł znajdować się trakt wiodący ku przeprawie. Podczas prac wykopaliskowych zebrano wiarygodne przesłanki dla tej tezy. Jeśli uda się w toku dalszych badań potwierdzić, że odkryte przez archeologów przy budynku Kordegardy cmentarzysko wczesnośredniowieczne jest dowodem obecności ludności pochodzenia skandynawskiego (hipoteza taka postawiona została podczas prac przez antropologa Łukasza Stanaszka), to można byłoby mówić nawet o znanym „tranzytowym” szlaku, być może i o handlowym, ponadlokalnym charakterze. Dalej na północ, podobnie jak i po południowej stronie topografia terenu pozbawiona jest wyraźnych akcentów. Z czasem regularne plateau, nachylone łagodnie w kierunki płynącej skrajem pradoliny rzeczki zajęło zorganizowane osadnictwo wczesnośredniowieczne, ze znana ze źródeł pisanych wsią Milanów.

Bez wątpienia jednym z podstawowych elementów stanowiących o atrakcyjności osadniczą tej części terenu skarpy była obecność szerokiego, zalesionego rozlewiska pradoliny Wisły. Musiał być to teren pełen łownej zwierzyny i ptactwa. Nic dziwnego, że król tworząc rezydencję podjął decyzję zagospodarowania tego terenu, czyniąc go bezpośrednim zapleczem dla myśliwskich atrakcji. Z podobnych uciech musieli korzystać i poprzedni właściciele terenu. Piszę właściciele, bowiem część skarpy na której wzniesiono pałac stał się terenem wydzielonym, o charakterze dworskim już najpewniej we wczesnym średniowieczu. Piszę o tym wszystkim po to, aby udowodnić tym, którzy kwestionowali konieczność prowadzenia badań archeologicznych podczas prac rewaloryzacyjnych, że błądzili. Piszę aby zwrócić uwagę, że teren rezydencji wilanowskiej z jego wspaniałą historią nowożytną nasycony jest treścią znacznie starszych dziejów, bez znajomości których historia obiektu byłby kaleka. Ta informacja ważna jest też i dla tych badaczy historii ogrodów, którzy nie widzą potrzeby pogłębiania wykopów archeologicznych. Archeologia ogrodów to nauka skomplikowana, interdyscyplinarna, polegająca na właściwym wyważaniu racji, które służyć maja przedstawieniu pełnej historii miejsca, bez której to historii geneza ogrodów może być nie do końca rozumiana. Najlepszym tego dowodem są ślady istnienia ogrodu funkcjonującego przed powstaniem pałacu króla Jana, odkryte po zachodniej stronie południowej pergoli.

Powodem zlecenia przez Dyrekcje Muzeum Płac w Wilanowie badań archeologicznych była chęć użycia metod tej nauki tak dla celów badawczych, jak i konserwatorskich. Przyjęto przy tym zasadę ustanowienia badań interdyscyplinarnych. W badaniach obok archeologów wzięli zatem udział: architekt krajobrazu, Dorota Sikora, historyk sztuki Anna Hanaka, architekci Jacek Gzowski i Tomasz Żebrowski. Do udziału w badaniach zaproszono geofizyków i paleobotaników. Na bieżąco korzystano z konsultacji wyników prac z pracownikami Muzeum Pałac w Wilanowie i Międzyuczelnianego Instytutu Konserwacji i Restauracji dzieł Sztuki. Inaczej być nie mogło, bowiem front prac badawczych, konserwatorskich i instalacyjnych był tak szeroki, wymagał jednoczesnego ustanowienia tak wielu odcinków badawczych i podejmowania tak wielu problemów jednocześnie, że bez udziału zespołu specjalistów zadanie to nie byłoby wykonalne. Idea badań kompleksowych, a tylko takie mogły dać pełny obraz dokonujących się w Wilanowie przemian, wymusiła na archeologach konieczność zastosowań rozwiązań niekonwencjonalnych. Wybór padł na nowe technologie.

Chęć zastosowania nowoczesnych technik badawczo-dokumentacyjnych w procesie badań archeologicznych niesie ze sobą konieczność dokonania rewizji dotychczasowych sposobów organizacji prac. W pierwszej kolejności narzucają obligatoryjnie stosowanie metody eksploracji warstwami naturalnymi (eksploracja stratygraficzna). W drugiej wymaga zastosowania zdefiniowanej terminologii, możliwej do zapisania w systemach bazodanowych. Kolejne wymogi to: konieczność użycia tachimetru w pracach pomiarowych, dokonywanie pomiarów wedle wartości współrzędnych geodezyjnych, organizacji eksploracji pozwalającej precyzyjnie wydzielać jednostki stratyfikacji, wpisując je jednocześni w definiowany kontekst. Innymi słowy każdy przeznaczony do rejestracji plan wykopu przedstawiający strop jednostki (lub jednostek) wraz z ich kontekstem, jest wynikiem głębokiego przemyślenia i decyzji archeologa, że oto rejestrowany jest poziom przedstawiający zrozumiały i określony przez archeologa epizod stratygraficzny. Zestaw dokumentacji każdego z wykopu powinien zatem składać się z serii takowych epizodów, których sekwencja przedstawia historię badanego miejsca.

Wszystkie te czynności doprowadzić maja do sytuacji, w której decyzja o charakterze dokonanego odkrycia i jego definicji zapadać powinny w wykopie archeologicznym. Odkrycie to zapisane być muszą w dwojaki sposób. Po pierwsze powinno być zinterpretowane w formie opisu słownego, a jego charakterystyka przedstawiona powinna być w formie sformalizowanej, pozwalającej umieścić cechy badanego obiektu i jego zawartość (warstwy - warstw) w komputerowej bazie danych. Odkryta powierzchnia, zdefiniowana wstępnie w wyniku eksploracji i potwierdzona w toku analizy zależności wydzielonych (w planie lub na profilu) jednostek stratyfikacji, zarejestrowana powinna być w możliwie najpełniejszej formie. Wynik podjętej przez archeologa decyzji powinien mieć swoje odbicie w zapisie interpretacyjnym (słownym) każdego z wydzielonych planów (epizodów). Opis taki powinien stanowić integralna część dokumentacji, połączoną bezpośrednio z ilustracją obrazującą wynik pracy. Ogniwem łączącym te dwie części dokumentacji (opisowej i ilustracyjnej) są indywidualne symbole nadane każdej z wydzielonych jednostek. W Wilanowie wyniki prac wykopaliskowych rejestrowane są w dwóch systemach ilustracyjnych. Tradycyjnym, wymaganym w decyzji konserwatorskiej i nowoczesnym, opartym o nowe definicje jednostek stratyfikacji, skalibrowany obraz fotogrametryczny (2D i 3D) wpisane w system programu AutoCAD i zapisane w tym środowisku bazy danych, zawierające informacje o charakterze rejestrowanego odkrycia i jego zawartości materialnej (warstwy, obiekty).

A. Gołembnik